Nas primeiras décadas do século XX, a necessidade de ampliar e melhorar o abastecimento de água, na cidade, levou o município de Bauru a adquirir uma área de 1.040 hectares de uma grande propriedade rural, denominada Fazenda Vargem Limpa, pertencente à Felicíssimo Antônio Pereira.

A escolha deste local fundamentou-se na presença de uma vasta vegetação nativa, que protegia as nascentes do córrego Vargem Limpa, considerado, na época, fonte de água abundante e livre de poluentes.

Em 1917 começou a ser implantado o sistema de captação de água no córrego Vargem Limpa, que forneceu água para a cidade de Bauru até 1940.

Com o crescimento da cidade e o aumento na demanda de água, houve a necessidade da transferência da captação para o rio Batalha. O município então passa a possuir uma ampla área de vegetação nativa que não era mais utilizada como fonte de água.

Com o movimento ambientalista se fortalecendo no Brasil na década de 1970 e 1980, iniciou-se a delimitação de diversas áreas naturais destinadas à conservação e visitação. Desta forma, em 09 de agosto de 1979, a Prefeitura Municipal de Bauru deu início ao processo de criação do Parque Ecológico de Bauru, com a elaboração da Planta de Localização e do Memorial Descritivo de 201,5 hectares.

Em 1987, a Lei Municipal nº 2.790 de 17 de dezembro institui o Parque Ecológico de Bauru. A criação do parque teve como objetivo a conservação da vegetação, como uma forma de proteger a flora e fauna locais.

A área era propícia para a realização de pesquisas científicas e para a visitação pública, possibilitando, assim a utilização dos benefícios da existência desta ampla área natural pela comunidade bauruense.

Em 14 de setembro de 1988, a lei nº 2872 denominou o local como Parque Ecológico Tenri Cidade-Irmã. A escolha do nome foi decorrente da influência da imigração japonesa em Bauru e foi dado em homenagem à cidade japonesa Tenri.

Em 25 de agosto de 1992, a lei nº 3.480 ampliou a área do Parque para 321,71 hectares. Foram iniciados os trabalhos de estruturação como: abertura de trilhas, implantação de um viveiro de mudas nativas, elaboração de projetos de recomposição de áreas degradadas e estruturação da sede administrativa para o atendimento aos visitantes. Neste mesmo período inicia-se o plantio das primeiras mudas de árvores do arboreto.

Em 1993, com a construção do orquidário, os trabalhos começaram a ser direcionados para atividades de conservação ligadas aos Jardins Botânicos. O poder público e a comunidade científica apoiaram o fortalecimento do local como instituição voltada à conservação das plantas.

Foi então que, em 04 de março de 1994, a lei nº 3.684, transformou o Parque Ecológico em Jardim Botânico Municipal de Bauru (JBMB). Com objetivos e trabalhos já definidos, o JBMB vem se estruturando, com novas coleções de plantas, ampliação e melhoria das áreas de visitação, garantindo, desta forma, a realização de atividades voltadas à conservação, educação, lazer e pesquisa.

No ano de 2018, graças à importância e representatividade na conservação do cerrado em nosso município, a reserva ecológica do Jardim Botânico Municipal de Bauru passou a integrar à Unidade de Conservação Estadual “Refúgio da Vida Silvestre (RVS) Aimorés”, de acordo com o Decreto Estadual nº 63.893, de 05 de dezembro de 2018.

O RVS Aimorés (Unidade de Conservação de Proteção Integral) possui área de 1.724,237 hectares, e localiza-se nos municípios de Bauru e Pederneiras. Essa nova Unidade de Conservação, em conjunto com a “Área de Relevante Interesse Ecológico (ARIE) Leopoldo Magno Coutinho” (Unidade de Conservação de Uso Sustentável), constituem o Mosaico de Unidades de Conservação do Cerrado Paulista, cujo objetivo é de conservar importantes remanescentes de vegetação do Bioma Cerrado localizados na região de Bauru.

Atualmente com 321,71 hectares, o JBMB conserva 280 hectares de cerrado, representando uma das maiores reservas (com mais de 200 hectares) de cerrado do estado de São Paulo, sendo considerado, portanto, área prioritária para a conservação desta vegetação.

Na reserva do JBMB também ocorrem fragmentos de floresta estacional semidecídua e vegetação de brejo.