De acordo com a resolução CONAMA, Nº 266, de 03 de agosto de 2000: entende-se como jardim botânico a área protegida, constituída no seu todo ou em parte, por coleções de plantas vivas cientificamente reconhecidas, organizadas, documentadas e identificadas, com a finalidade de estudo, pesquisa e documentação do patrimônio florístico do País, acessível ao público, no todo ou em parte, servindo à educação, à cultura, ao lazer e à conservação do meio ambiente.

    Complementando esta definição, baseada nas Normas Internacionais de Conservação para Jardins Botânicos, um jardim botânico é uma instituição que realiza trabalhos voltados à conservação das plantas, com o objetivo de proteger espécies silvestres, raras e ameaçadas de extinção, especialmente no âmbito local e regional, bem como as de valor econômico, histórico e de importância ecológica para a restauração de ecossistemas.

    A conservação pode ser feita por meio da proteção dos ambientes naturais; manutenção de coleções de plantas vivas; bancos de sementes, de pólen e germoplasma. Todas as coleções devem estar em estruturas e locais adequados, cultivadas por meio de tecnologia apropriada, sendo organizadas, documentadas e cientificamente identificadas.

    A estrutura de um Jardim Botânico deve proporcionar condições para o desenvolvimento de atividades como pesquisa, lazer e educação ambiental, também fundamentais para a conservação. Cada Jardim Botânico deve ter uma missão institucional criada de acordo com as particularidades existentes na região onde está inserido.

    Nem todos os Jardins Botânicos possuem áreas naturais associadas. No caso do Jardim Botânico de Bauru existe uma reserva que conserva a vegetação nativa encontrada na região de Bauru, onde podemos encontrar o cerrado, floresta estacional semidecídua e vegetação paludosa, conferindo ao Jardim um importante papel na conservação de ambientes naturais.